İlçemizin yüzölçümü   1772 km2, denizden yüksekliği 365 m.dir. Aydın-Muğla ve Milas'a giden   karayolları kavşağında olup, Muğla'ya 28 km, komşu il Aydın'a 79 km.   uzaklıktadır. İlçemiz, yurdumuzun güneybatısında yer almaktadır. Denize   kıyı şeridi yoktur. Kırsal karakter özelliğini taşır. İlçemiz  Yatağan   dağı'nın eteklerine serpilmiş Ahiler'in şirin bir kentidir. Kuzeyde   Gökbel ve Yatağan dağı, Doğuda Göktepe dağları,güneyde Çukuröz köyünden   başlayarak Ören'e (Milas) kadar uzanan Marçal dağı ve buna paralel giden   Bağyaka köyünden başlayıp, Milas ilçe sınırına uzanmış Bencik dağları,   Batısında Aldağ ve Kurukümes dağları ile çevrilmiştir.

Yatağan ilçe   merkezinin güneyinde; Muğla-Ula, kuzeybatısında Çine ve Selimiye(Milas),   batısında Milas, doğusunda Kavaklıdere ilçesi bulunmaktadır. İlçemizin,   coğrafi koordinatları şöyledir Yatağan (Merkez) 37'20'31" enlem   (Kuzey)28'08'24" boylam (Doğu)

Dağlar ve Ovalar:

Yatağan havzasında   birbirinin devamı olan güneyden kuzey-batıya doğru meyilli tarıma elverişli iki kapalı havza halinde ovaları vardır. Bunlar 30 km2'lik   Yatağan ovası, 50 km2'lik Kayırlı ovasıdır. İki havza Demir Köprü'de   kesişir. Yatağan ovası, Kuzey-doğu ve güney-batısı 800 m. yükseklikte   dağlarla çevrilmiştir. Yatağan ovası; Kocadere, Menteşe deresi, Kamış   çayı, Bencik deresinden oluşur. Bu sulardan beslenir. Kayırlı ovası ise   Ahiköy deresi ve Kayırlı derelerinden oluşur. Bölgenin en alçak rakamlı   bölümü, Kayırlı ovası'nın kuzey bölümüdür. En yüksek rakım 1500 metreyi   bulur. Kuzeyde Gökbel dağları (1412 m) Kayırlı ovasının doğusunda Yavat   tepesi (550 m) bulunmaktadır. Bu tepenin hemen doğusunda (Cılk dağı 861   m) Daha da doğusunda Karagedik dağları (1600 m) mevcuttur. Yatağan   ilçesinin hemen kuzeyinde Yatıgan tepesi (619 m) Kayırlı ovasının   batısında Akdağ, Kurukümes dağları ve kuzey de Aldağ (750 m)   yüksekliğindedir. Yatağan ovası geniş ve verimli arazi yapısına   sahiptir. Toprak humuslu, killi ve kumludur. Yatağan ve çevresinde %60   yakın sulu tarım, yapılmaktadır.

Akarsular:

İlçemiz, tatlı sular   bakımından önemli sayılabilecek bir potansiyele sahiptir.Çevre   kirliğinden birinci derecede etkilenen, ekosistemin parçası olan   akarsular; endüstriyel, evsel, tarımsal ve termik santralden kaynaklanan   kirlenme neticesinde hem kullanımı, hem de debisi azalmaktadır. Aşırı   derecede kirlenme neticesinde akarsularımız kendi kendini temizleyemez   konuma gelmiştir. Akarsuda yaşayan canlıları da olumsuz yönde   etkilenmektedir. Akarsuların doğal yapısını bozan diğer etmenler de,   akarsuyun zemininden kum ve çakıl alınmasıdır.

Menteşe Çayı; (Deştin   Çayı) Göktepe sıra dağlarının kızıltepe yöresinde bulunan Kocadere,   Kazandere ile beslenir. Deştin, Alişar kaynak sularıyla karışıp;   Bozarmut, Madenler, Yatağan ovalarını sulayarak kaynağından 4,5 km sonra   Çaykavusu mevkiinde Koru çayı ile birleşir.

Girme Deresi Çayı; (Kapubağ   Çayı) Bağyaka dağı eteklerinden Kozlu erek mevkiinden,doğmaktadır. Doğal   su kaynakları bulunmakta olup; Bencik beldesi, Yayla ve Cazkırlar köylerinin   ovalarını sulayarak Yatağan ovası Kamış Deresi mevkiinde Koru çayı ile   birleşir.

Pınarbaşı Çayı; (Koru   Çayı) Bozüyük Mandal tepe eteklerindeki   kayaların 80 metre derinliğinden doğar. Bozüyük ve Yatağan ovalarını   suladıktan sonra Menteşe Çayı, Girme Çayı ile birleşerek Çine Çayını (Marsyas)   besler, Büyük Menderes'e katılır.

Dipsiz Çayı; Turgut   yöresinden gelen Kayırlı deresi, Dipsiz bölgesinden çıkan yeraltı suyu   ve akarsuların birleştiği noktadır. Yatağan ilçesi ve ilçeye bağlı beş   köyün içme suyu buradan temin edilmektedir. Bu bölge piknik alanı olarak   da kullanılmaktadır.

İklim ve Bitki Örtüsü

Yatağan ve çevresinde,   belirsiz Akdeniz iklimi görülür. Yazlar sıcak ve kurak, kışlar ılık ve   yağışlı geçer. Kış aylarının sert, yağışsız ve rüzgarlı geçtiği de   görülür. Yağış oranları yıllara göre değişmekle beraber Kasım- Aralık ve   Şubat-Mart aylarında yüksek yağış alır. En sıcak ayları Temmuz-Ağustos,   en soğuk ayları ise Ocak-Şubattır. İlçemiz en çok yağışı Aralık, en az   yağışı da Eylül ayında alır.

İlçemizin coğrafi   görünümü, iklim ve toprak koşullarına göre şekillenen doğal bitki   topluluğu ile çok çeşitli   ve zengindir. Akdeniz ikliminin tüm etkileri ve bitki örtüsü de görülür.   Kış aylarında dondurucu soğukların olmaması ve yaz aylarında da sıcaklık   oranın yüksek olması bitkilerin büyümesine olumlu etki yapar. Kuraklığın   çok belirgin oluşundan kurakçıl formasyonlar gelişmiştir. Bu bitki   topluluğuna maki denir. Yüksek bölgelerde sıcaklık oranı düşük   olduğundan, bu alan iğne yapraklı ormanlarla kaplıdır. Büyük çalı   topluluklarına ve toprağın kalkerli olduğu bölgelerde ise otsu   bitkilerden, adaçayı, kekik bol miktarda görülür. Aynı zamanda orman   altı bitki türlerinden; böğürtlen, çıntar, sarmaşık, deve dikeni ve kuzu   göbeği de görülür.

İlçemizde, % 75 Kızıl   çam, %19 Karaçam, % 5 Fıstıkçamı, %1 oranında Ardıç, radiata çamı, sedir   ve meşe bulunmaktadır. Tali bitki örtüsü sistas, kekik, böğürtlen, çınar   ve kavaktır.