İlçemizin ilk   çağlardaki adı "Karya" daha sonraları da "Menteşe" olarak anılır.   Bölgeye ilk yerleşenler LELEKLER ve KARLAR'dır.

Tarihçi Heredot,   Karyalılar İ.Ö. 5. yüzyılda Anadolu'da yaşadıklarını   söylemektedir. İç Karya'nın zengin maden yatakları, ormanları, verimli   toprakları, sahil şeridinin liman kurmaya ve ulaşıma müsait olması,   Karya üzerinden saldırıları yoğunlaştırır. Persler, Lidya kralını esir   alırlar. İ:Ö. 387'deki "Kral Barışı" ile tüm Anadolu tekrar Perslerin   yönetimi altına girer. İ.Ö. 334 yılında Büyük İskender, önce   Halikarnasosu, sonra Muğla'yı Perslerden geri alır. İlçemiz 200 yıl   Karya toprakları olarak kalır. Büyük İskender'in bölgeden çekilmesiyle   Karya'da karışık dönem başlar. Roma İmparatorluğu 395 yılında doğu ve   batı Roma olmak üzere ikiye ayrılır. Karya, Doğu Roma sınırları   içerisinde kalır. 800 yılına kadar süren Bizans egemenliği, Abbasi   halifesi Harun-u Reşid'in gelmesiyle noktalanır. Yörede ilk İslami   etkiler yayılmaya başlar.

Anadolu 1071 Malazgirt   zaferinden sonra, hızlı bir Türkleşme sürecine girer. 1075 yılında   Kutalmışoğlu Süleyman Bey İznik'i alarak Anadolu Selçuklu devletini   kurar. 1231 yılında Moğol imparatoru Cengiz Han'ın Harzem ülkesini   istilası üzerine, burada yaşayan Türk boyları ülkelerini terk ederek   Selçuklu hükümdarı I. Alaaddin Keykubat'a sığınırlar. I.Alaaddin   Keykubad, KURİ Beyin oymağını,   denizden gelecek saldırılara karşı koymak üzere Selçuklu sahil ordu   komutanlığı emrinde, Milas sahillerine yerleştirir. Bu oymak burada   hayvancılık ve tarımla uğraşır. Selçuklular Karya ve çevresini uç   beyleriyle yönetmeye çalışırlar. Uç beyi olan Menteşe Bey, Oğuz Türkmen   boylarındandır. Anadolu Selçuklu Devleti, 1243 yılında Köse Dağ   Savaşında Moğollara yenik düşünce, Kuri Beyin torunu Menteşe Bey bu   karışıklıktan yararlanarak bağımsızlığını ilan eder. Menteşe Beyliğini   kurar. Menteşe beyinin adına istinaden bölgeye bu ad verilir.Menteşe   Bey, karadan ve denizden batı Anadolu'yu kuşatarak, Karya bölgesini   fetheder. Burası Batı Anadolu'da Türklerin eline geçen ilk bölgedir.   Menteşe beyliği 1389 yılına kadar bağımsızlığını sürdürür. Daha sonra   Osmanlı devletine bağlanır.

1402 Ankara Savaşından sonra, Ankara yöresindeki ahiler Moğol baskısından kurtulmak üzere Anadolu'nun çeşitli yörelerine dağılırlar. Ahi Ebubekir ve kardeşi Ahi Sinan cemaatiyle Menteşe bölgesine gelirler. Burada çoğalarak Ahiköy'ü kurarlar. 30 Ekim 1918 Antlaşmasıyla Osmanlı toprakları paylaşılır. Yöremiz İtalyanların işgaline uğrar. İtalyanlar 5 Temmuz 1921'de geldikleri gibi giderler.

Muğla İline bağlı etrafı dağlarla çevrili verimli bir ovaya sahip olan Ahiköy, eteğinde Yatağan dağının ismini alarak 1944 yılında ilçe merkezi olmuştur.